虽然名为“公司”，荷兰东印度公司实际上是一个暴力集团，不仅拥有舰队和雇佣兵，还可以发行货币，与相关国家订立条约，对海外占领地实行殖民统治。据统计，在其近200年的历史中，荷兰东印度公司共经历了约800次大大小小的武装冲突。
曾在该公司成立初期两度出任荷属东印度总督的扬·彼得松·库恩以冷酷无情着称。1621年，他为独占肉豆蔻贸易，下令屠杀了班达群岛上1.5万名居民中的绝大部分，被印尼人称为“班达屠夫”。
他在1614年写给公司高层的一封信中毫不避讳地说：“根据经验，各位应该知道，只有诸位掌控的武器才能为驱动和维持与亚洲的贸易提供保护，而这些武器则必须由贸易的利润来支付。也就是说，没有战争就无法进行贸易，反过来，没有贸易也无法进行战争。”
战争和杀戮的目的，是确保荷兰东印度公司垄断尽可能多的贸易和航线，赚到尽可能多的钱。在控制香料贸易后，荷兰东印度公司开始在印尼大量投资开发各类种植园，先后引进可可树、茶树、烟草、橡胶树、甘蔗等外来经济作物，并为此从周边地区招募甚至骗来大量苦力。
因暴力而崛起，也因暴力而衰落。随着18世纪80年代荷兰在第四次英荷战争中战败，荷兰东印度公司再也无力维持运营，最终于1799年被解散，其管辖的殖民地被荷兰政府接管。
为进一步压榨殖民地资源，荷兰殖民当局于1830年推出“强迫耕种制度”，要求当地人必须将20%的土地用于种植靛蓝、咖啡和糖等出口经济作物。实际上，殖民当局征用了太多土地，导致当地人几乎没有土地可以用来种植粮食作物，出现了饿殍遍野的惨状。
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