因此，我们要瞭解到，经贸关系固然有助于政治关系的改善，但影响有其局限，政治关系却对经贸关系有绝对性的致命影响。如果两岸的政治敌对关系不能化解，不能把现有的敌对关系变成和平关系，经贸关系永远是脆弱与不稳，甚而随时可能塌陷。
两岸经贸合作与发展第二个障碍在于美中之间的对抗。美国目前要穷其全力对付中国大陆，特别是在高科技方面要遏制中国大陆的超越。美国希望切断中国大陆的全球产业炼，而在夹在中美之间的台湾，被迫必须要选边站。
台湾目前的尴尬在于，台湾在政治安全上依附于美国，科技发展也不能绕开美国，但是两岸经贸又是台湾经贸最重要的部分。如果中美关系友好，如同马英九时期，两岸经贸发展就更为顺利，破坏两岸关系的，如同陈水扁，反而会被美国认为是“麻烦制造者”，但是，目前已经是今非昔比。
美国为了要遏制中国大陆的发展，会要求台湾方面站在美国这一边，这使得目前两岸经贸的合作与发展必然受到影响。不少台商因而将其生产基地转移到东南亚或其它地区，美国也会主动切割两岸高科技的连结，例如美国限制台积电在大陆的发展，且被迫去美国生产就是一个最典型的例子。
美中对抗的安全因素，使得两岸原本已经敌对的政治因素变得更为敏感或敌对，民进党政府也更容易以“国家安全”为由来质疑台商与推动两岸交流者，这均使得两岸经贸合作与发展变得更困难。
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