首先，从刑事角度惩治“台独”是依法惩治“台独”、维护国家主权、统一和领土完整的重要法治保障。通过法律手段打击“台独”分子，是维护国家主权和领土完整的必要举措。依法治国是是习近平法治思想的重要组成部分，是现代国家治理的基本原则，任何分裂国家的行为都应该受到法律的严厉惩罚。这不仅符合中国国内法律体系的要求，也与国际通行做法一致。
第二，《意见》根据《反分裂国家法》、《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国刑事诉讼法》等法律规定，提供了明确的定罪量刑标准和程序规范。这些法律依据的明确，使得司法机关在处理“台独”相关案件时有法可依，有章可循，提高了执法的透明度和公正性。
第三，《意见》实施后应该会具有威慑与教育作用。通过明确的法律规定和严厉的惩罚措施，可以对“台独”分子形成强大的威慑作用。那些试图分裂国家的人将面临严厉的法律后果，这有助于遏制“台独”分裂活动的蔓延，防止其对国家统一、国家安全和社会稳定造成更大的危害。通过司法手段打击“台独”，不仅有助于维护法律的权威性和严肃性，也能够增强全社会的法治意识。让广大人民群众认识到，任何破坏国家统一的行为都是非法的，必须受到法律的惩罚，从而形成全社会共同维护国家统一的共识。
第四，从刑事角度惩治“台独”，可以更好地保护台湾同胞的合法权益。《意见》明确指出惩治对象，即，刑事整治措施只针对极少数“台独”顽固分子，不涉及广大台湾同胞。这一声明有助于安抚台湾民众的情绪，减少他们的恐慌和误解，保护台湾同胞的合法权益，维护两岸关系的和平稳定。而通过依法打击“台独”分子，可以减少其对台湾社会的负面影响，为台湾同胞创造一个更加稳定和安全的社会环境。只有在两岸关系和平发展的基础上，台湾同胞才能享受到更多的经济红利和社会福祉。
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